結腸淨化的適應與禁忌
進行結腸淨化也有其適應與禁忌，例如洗腎的患者、懷孕前期的孕婦、本態性高血壓的人、剛做完大腸手術患者，大腸癌的病人等都不適合用結腸淨化法。
若是長期便秘者及部分身體有特殊狀況者，若經過醫師評估，且在醫師指導下進行此療法是可行的。
有些人一天排便四、五次，比一般認為每天正常排便一、二次高出許多，往往懷疑自己是否腸胃不正常。其實排便次數正常與否，要和自己過去的習慣比較，若長期以來一直是一天排便四、五次，那麼應該沒什麼問題，如果沒有吃壞肚子，每日排便次數突然增加，且每次排便量只有一點點，則必須注意是否罹患直腸癌或是慢性便秘，需儘早給醫師診察。
正常排便與大腸激躁病的區別
如何認定排便正常或是便秘或大腸激躁病，需視個人的狀況而定，排便次數正不正常，並沒有一定的標準，一般來說一天排便三次或是三天排便一次，只要沒有加上排便困難、脹痛或者食慾不振等，都屬於正常的範圍之內。如果一定要界定出排便次數的標準，女性每週平均排便次數應為三次，男性每週平均排便次數應為五次，如果每週排便次數小於二次，則可能會有便秘的傾向。
影響正常排便的因子有許多，包括糞便的質量、腸胃蠕動功能、情緒、肛門與直腸負責排便肌肉協調度及日常活動量等，排便次數增加最常見為吃壞東西罹患急性腸胃炎，一般而言急性腸胃炎會合併腹痡、發燒、及水瀉等症狀，另一個常見造成排便次數增加的因素為情緒過度緊張或是壓力過大，稱為大腸激躁症。
患有癌症不適合做結腸淨化
大便次數異常增加，就必須特別注意是否有合併血便、腹脹、腹痛、食慾不振、以及在鼠蹊部摸到不明腫塊等症狀。若有這些異狀，必須進一步檢查，可能是罹患了直腸癌，因直腸長了腫塊，致使便意一直存在，但解又解不出來，造成裡急後重感，特別是腫塊長得離肛門愈近，感覺愈明顯，發現有大腸癌的現像是不適合。如果排便次數增加的因素與急性腸胃炎或激躁性腸症無關，也無血便、腹脹、腹痛、食慾不振及不明腫塊的情形，且每次便量只有一點點，則可能是慢性便秘。雖然一天解了四、五次，但主要宿便仍積在腸中未排出，造成慢性便秘，慢性便秘最適合結腸淨化。
造成排便次數增加的原因有很多，首先要找出真正的原因是什麼，再對症下藥，如果有疑似直腸癌或是慢性便柲等症狀，最好進一步檢查，如果只是單純習慣性排便次數較多，則不用太擔心，當然，若排便次數過多造成生活或工作上的困擾，也可找醫師幫忙改善。